Danmarks Museum for Lystsejlads er organiseret med en Forening, der tager sig af medlemmer og al drift af Museet, og en Fond, der står for og ejer alle Museets effekter og alle juridiske forpligtelser i Museet. Den samlede bestyrelsen for Danmarks Museum for Lystsejlads består af Foreningens og Fondens respektive bestyrelser.
Flemming Schmidt, Svendborg (formand for Fonden)
Hans Fokdal (formand for Foreningen)
Niels Højlund Hansen, Svendborg (næstformand)
Martin Stockholm, Svendborg
Henrik Hansen, Hvidovre
Poul Tom Hansen, Rudkøbing
Ulla-Britt Lyman, Thurø
Peter Nielsen, Skovshoved
Svend Jakobsen, Svendborg
Kim Kruuse, Svendborg
Michael Petersen, Svendborg
Mira Erik, Odense
Boye Top Christensen, Svendborg
Jens Peter Oehlenschlager
